药材烘干机在干燥过程中，因为干燥方法及干燥工艺不同，会对不同药材烘干造成不同的影响，因此，我们在药材烘干中，应排除或纠正烘干干燥过程的问题，以保证烘干后的药材品质。
一、硫熏干燥
中药材的干燥品种有很多，不同的中草药材要选用不同的干燥方式，对于不易干燥或易于腐败变质的中草药，如当归经过传统的日晒后皮色变红，品质下降。而人们会选用传统的硫熏干燥，传统的硫熏干燥在干燥过程中会产生对人体有害的高浓度二氧化硫，导致经过处理的中药材存在二氧化硫残留并危及生命，需要予以禁止。但由于二氧化硫具有防腐、防虫、漂白、保水等功效，经此方法处理后的中药材皮质光滑、颜色白润、外形规整，同时，二氧化硫还原性强，与含有羟基活性激素的药材发生化学反应，进而改变中草药原有的某些化学成分，影响中草药效果，使得中草药的品质发生改变。因此，此方法在我国某些地方还在采用。
二、不合理干燥
在中药材机的干燥过程中，由于种类与性质不同，不同的药材要选用适宜的干燥方式，否则会影响中药材的品质。例如在中草药干燥方法中，温度的变化是影响因素，中药材中含挥发油时，
干燥温度不宜过高，过高使得挥发油散失，造成有效成分被破坏，除此之外，还要避免高温操作造成某些热敏性有效成分的大量分解，例如包含维生素、酶类等物质的中草药。干燥过程中的温度、时间对中药材质量也有影响，如当温度升高、时间加长时，鲜地黄梓醇含量逐渐减少。


因此，在中药材的干燥过程中，通常采用含水量、形状、色泽来确定中草药的烘干工艺，合理的中药材烘干工艺，主要体现在烘干过程中的干燥速度、干燥介质的流速、温度、湿度。合理的中草药材烘干工艺，可以保证中草药材的形态和色泽和质地，并减少烘干过程中的污染，中草药材烘干后的效益增加。